L'article 16 de la loi de finances rectificative pour 2016 a assoupli les modalités de conservation et de stockage des documents comptables et de leurs pièces justificatives afin notamment de permettre aux entreprises qui le souhaitent de conserver sous forme dématérialisée les factures établies ou reçues sur support papier.

Les factures papier reçues (d'achat) ou émises (de vente) peuvent être conservées sur support informatique ou sur support papier pendant le délai prévu au premier alinéa de l'article L 102 B du LPF.
Les entreprises qui reçoivent ou qui émettent des factures papier peuvent ainsi les numériser, sous conditions, à tout moment et les conserver de manière dématérialisée durant six ans.

Le transfert des factures établies originairement sur support papier vers un support informatique doit être réalisé dans des conditions garantissant leur reproduction à l'identique, le résultat de cette numérisation devant être la copie conforme à l'original en image et en contenu, y compris s'agissant des couleurs en cas de mise en place d'un code couleur.

Les dispositifs de traitement sur l'image sont interdits et que, dans l'hypothèse où l'assujetti a recours à la compression de fichier, cette compression doit s'opérer sans perte.

Par ailleurs, les opérations d'archivage numérique des factures établies originairement sur support papier doivent être définies selon une organisation documentée, faisant l'objet de contrôles internes, permettant d'assurer la disponibilité, la lisibilité et l'intégrité des factures ainsi numérisées durant toute la durée de conservation (LPF art. A 102 B-2). Selon l'administration, cette organisation documentée suppose que les différentes phases de la numérisation doivent être décrites, présentées et expliquées. Elle est propre à chaque entreprise.

L'administration précise également qu'il appartient à chaque entreprise d'effectuer régulièrement des contrôles, sous sa responsabilité, de la fiabilité des factures ainsi numérisées.

En tout état de cause, et conformément à l'article A 102 B-2, III du LPF, chaque document numérisé doit être conservé sous format PDF ou sous format PDF A/3(ISO 19005-3) et être assorti :

-  soit d'un cachet serveur fondé sur un certificat conforme, au moins, au référentiel général de sécurité (RGS) de niveau une étoile ;
-  soit d'une empreinte numérique ;
-  soit d'une signature électronique fondée sur un certificat conforme, au moins, au référentiel général de sécurité (RGS) de niveau une étoile ;
-  soit de tout dispositif sécurisé équivalent fondé sur un certificat délivré par une autorité de certification figurant sur la liste de confiance française (Trust-service Status List-TSL).

Chaque fichier est horodaté, au moins au moyen d'une source d'horodatage interne, afin de dater les différentes opérations réalisées.

En application de l'article 286, I-3° du CGI et de l'article L 102 B, I-3e al. du LPF, la facture papier ainsi numérisée dans les conditions fixées à l'article A 102 B-2 du LPF constitue une pièce justificative relative à des opérations ouvrant droit, d'un point de vue fiscal, à une déduction en matière de taxes sur le chiffre d'affaires.

L'administration ajoute que, dans l'hypothèse où le contribuable présente à l'administration une facture numérisée qui ne remplit pas ces conditions, ce dernier est alors tenu de la présenter sous forme papier et que, si le contribuable n'est plus en possession de la facture papier, l'administration assimile cette hypothèse à un défaut de facture. Elle considère ainsi qu'en l'absence de présentation de la facture papier, dans l'hypothèse où la facture numérisée ne remplit pas les conditions de l'article A 102 B-2 du LPF, elle peut remettre en cause la déduction de la taxe opérée.

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